1559 to 1671
jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜在16世纪和17世纪的宗教变革和政治动荡中幸存下来，成为越来越多本科生的家园, 学者, 和养老金领取者.
成为一所新教学院
伊丽莎白一世于1558年11月即位时，英格兰教会明显倾向于新教, 尽管这一改变并不像一些人希望的那样彻底，也不是所有与过去天主教的联系都被切断了.
1547年的《修道院法》是继1536年和1539年解散修道院和宗教场所的法律之后出台的, 只有牛津和jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜的学院逃脱了镇压, 和其他几个人一起.
前20年的宗教不稳定和严重的流感大流行意味着神职人员短缺, 尤其是新教徒. 迫切需要有献身精神和受过良好教育的神职人员来执行新的教会秩序.
来帮助满足它, 政府决定恢复爱德华六世时期短暂推行的政策. 在新教徒看来，为死者祈祷纯粹是迷信, 因此，学院剩余的教堂捐赠被用来支持学生.
也没有理由维持唱诗班和唱诗班需要为中世纪晚期的教堂精心服务. 的 公祷书 只需要简单的圣歌, 一篇赞扬学院恩人的定期布道取代了弥撒和祭拜死者的仪式.
人们认为，研究生(现在被称为研究员)要么正在接受成为牧师的培训，要么已经被任命为牧师, 本科生(称为学者)将形成一个人才库，未来的研究员将从中选出.
1559年改革
1559年派往jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜执行这一政策的皇家专员决定jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜, 在1547年到1558年间收到了三份丰厚的礼物, 应该维持16名研究员和15名学者. 研究法律而不是神学的研究员人数从1人增加到4人，因为政府需要公务员和外交官，就像教会需要神职人员一样.
这些变化的牺牲品是文法学校，它于1570年关闭. 唱诗班和唱诗班的人不再需要接受教育, 通货膨胀意味着学校的捐赠不足以支付成本1560年代，校长的工资是1510年代的两倍.
本科生第一次成为学院的重要组成部分, 很快他们就占了多数, 从那以后他们就一直是这样. 毗邻门塔的前校舍被改造成学院楼梯，为他们提供住宿.
此外，学者们得到免费的食宿，但没有钱(尽管他们可以), ,也, 在学院里打零工挣点小钱)，还有另外两类本科生:“大学生”和“养老金领取者”。.
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这些学生都是穷学生. 每个院长允许有一个这样的学生住在学院(院长可以有两个), 为他做一些私人的家务，比如在他的房间里生火, 在餐桌上服务, 跑腿.
这给了这个年轻人攻读学位的机会, 这是他本来负担不起的事.
学者
学者大多是从这些人当中挑选出来的, 让他们从家务中解脱出来，这意味着他们可以自己吃饭，而不是等着研究员和学者们的餐桌上剩下的东西.
到17世纪中叶，几乎所有希望获得奖学金的学生都成为了学院的学者，几乎所有的学者都获得了学位并被任命为牧师, 经常成为伙伴.
养老金领取者
另一组大学生是"养老金领取者"或"平民", 他们来自富裕的家庭，为他们支付生活费和学费. 他们通常在学者桌吃饭, 不过，如果他们家境显赫，他们可能会与学院的研究员和其他毕业生一起吃饭. 这些人被称为“平民同胞”。.
很少有领养老金的人在教堂或当教师, 很少有人成为学者或获得学位. 几个学期后，他们就会离开, 也许是为了体验牛津大学提供的东西, 出国旅游, 或者进入伦敦的一家律师事务所, 不论是否有意成为执业律师.
律师学院是年轻人学习管理家族财产所需技能和建立社会联系的好地方，这有助于他们参与公共生活和政府服务.
由于退休人员不必参加大学考试，他们可以在jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜接受导师的指导学习.
他会被他们的家人选中, 他可能不是研究员，而是住在学院的高年级毕业生之一. 对于领养老金的人来说，jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜离精修学校比大学更近.
在这一时期，几乎所有与学院有关的名人——包括富尔克·格雷维尔爵士, 诗人与朝臣, 克里斯托弗·哈顿爵士, 皇家秘书, 理查德·范肖爵士, 外交官, 诗人兼翻译家, 罗伯特·科顿爵士, 的古董商人, 首席大法官布拉姆斯顿, 罗杰北, 律师和博学多才——这些人都是平民和退休人员. 他们独来独往，与社会地位比他们低的人没有多大关系, 学者和学者.
但无论他们的社会地位和学术地位如何，大多数学生都来自英格兰东部的郡, 从约克郡到肯特郡. 直到19世纪中叶，jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜基本上还是一所地方大学，许多学生都是由亲戚推荐到学院的, 个好老师, 或者参加过的神职人员.
学生人数的增长
在此之前的40年里，jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜领取养老金的人数是最多的, 以及紧接着的一个, 内战期间，学院的总人数在1641年达到了90人的峰值.
1638年至1641年间，为了容纳他们和他们的导师，一座玫瑰色砖的新建筑在入口庭院的一侧面向门塔建造起来, 在以前的学生和研究员的帮助下. 这是19世纪前学院最后一座新建筑, 它有十几套房间，通往两个楼梯. 本科生在导师的监督下，两三个人住在一个房间里, 如果他们请校长做他们的家庭教师，他们有时就住在校长的宿舍里.
即使在那些高峰时期，本科生人数也很少超过60人. 16名研究员中只有三到四人愿意担任导师, 这个角色使他们负责对学生的宗教教育和指导，以及他们的世俗学习和财务.
改变团契的性质
研究员先攻读文学硕士学位，然后再攻读神学学士或博士学位. 他们也可能在镇上的教区或骑马可达的村庄里担任过牧师或副牧师, 或者帮助家庭教师教书，直到他们找到了一份薪水更高的教会工作，然后他们就可以离开学院，自由地结婚了.
研究员并不总是被要求住在jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜, 奖学金不再被视为研究生奖学金，而被视为奖励给在考试中表现特别出色的年轻研究生.
By custom it entitled him to 'the dividend'; each year the 大学’s surplus income was divided among the Fellows, 校长和储备基金各获得两份.
内战的影响
1642年内战爆发时，学院遭受了严重的打击. 受马修·雷恩的影响, 伊利的主教——他任命了院长，并在研究员的选择上有发言权——和院长, 理查德·斯特恩, 学院加入了让英格兰教会回归天主教崇拜形式的运动, 订单, 和信仰. 这激怒了国会的清教成员，激化了国会与国王查理一世的争端.
学院响应国王的募捐请求，把大部分银器送给了他. 当议会军队占领jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜时，惩罚接踵而至.
院长被派去伦敦塔与主教会合, 后来他被转移到泰晤士河上的一艘监狱船上. 他被释放后，当了15年的校长. 院长的副手被送进了萨瑟克的计算机监狱, 16名研究员中有15人被大学开除. 第二年，在看到教堂遭到破坏，地面上的树木被士兵砍倒后，唯一留在岗位上的人离开了.
本科生们回家了:两年之后才有人来接替他们的位置. 托马斯年轻, 苏格兰长老会牧师, 被任命为院长并从清教徒中招募新成员.
然而, 国王被处决，共和国宣告成立, 杨也被免职，1650年取而代之的是 约翰·沃辛顿. 年仅32岁, 沃辛顿已经是伊曼纽尔学院的高级研究员了, 他从那里招募了新的研究员, 还有一个厨师, jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜.
一个温柔, 学术的人, 沃辛顿还担任副校长，并设法恢复了jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜和整个大学的一些学术惯例.
修复后
1660年国王和教堂复辟，雷恩主教回归, 沃辛顿辞去了硕士职位.
几乎所有自1650年以来当选的研究员都被允许留下来. 1642年被驱逐的幸存者中，只有三个人希望恢复他们的友谊. 院长和1642年的总统短暂地回到了他们的岗位上. 后来斯特恩成为卡莱尔主教，然后是约克大主教.
在斯特恩之后的三年里，三位硕士中有两位成为了名校的硕士，还有一位, 像他这样的, 成为一名主教. 只有第三个, 埃德蒙Boldero, 谁曾在骑士军团服役, 留在jdb的电子平台-jdb电子游戏官方平台有限公司-jdb平台电子排行榜，看着内战的破坏得到修复.
这座礼拜堂被修复以供英国国教礼拜. 器官, 1642年国会下令将其拆除并藏了起来, 被修理回来了. 博尔德罗亲自为图书馆买了漂亮的新书柜. 这些年来，其中一位研究员约翰·谢尔曼(John Sherman)撰写了学院历史的第一部著作.
更重要的是在1671年 托拜厄斯Rustat 这是学院175年前建校以来收到的最大一笔捐赠.
